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液态发酵是将活化接种到发酵罐中，进行液体培养的方法。其一般流程为接种，发酵罐培养、过滤、浓缩、干燥从而得到菌剂。该方法的优点为液体环境有利于菌体、底物、产物以及热量的扩散，使得发酵在均质均热的条件下进行；发酵过程速度快，周期短；便于监测和控制；易扩大培养规模。缺点为液体培养基的水分多，使得有价值的大分子物质浓度低，产生的废液也多；后续分离纯化困难，成本较高。